تتولى شؤون الطيران المدني تنظيم وتصدراللوائح الفنية المرتبطة بالنقل والملاحة الجوية، وصلاحية الطائرات للطيران، والتي تنطبق على جميع الطائرات التي تشغل في مملكة البحرين. وكجزء من دورها التنظيمي، تعمل شئون الطيران المدني أيضاً في مقام الجهة الإدارية المختصة بوضع القوانين واللوائح المتعلقة بشئون الطيران، وهي المسؤولة عن التأكد من التزام جميع الأطراف التي لها علاقة بالطيران بالأنظمة الموضوعة وتنفيذها. وتتولى شؤون الطيران مسؤولية إصدار التراخيص/التصاريح والشهادات لمختلف الأنشطة، حيت تشمل تسجيل الطائرات وتراخيص الموظفين، وعمليات الطائرات، وجداول الطيران. وبالإضافة لكل ذلك، فإن شئون الطيران المدني مسؤولة ايضاً عن توفير خدمات الأرصاد الجوية بما في ذلك تقارير وتوقعات الطقس، ومعلومات الأرصاد الجوية.

الإدارات التي تندرج تحت شؤون الطيران المدني:

التراخيص الجوية: هذه الإدارة مسؤولة عن الإشراف على السلامة الجوية للطيران في البحرين، والتأكد من تطبيق أنظمة وقوانين الطيران المدني في البحرين، واللوائح الفنية للملاحة الجوية (ANTR)، ومعايير منظمة الطيران المدني الدولي ICAO والممارسات الدولية الموصى بها (في SARP). كما أن الادارة مسؤولة عن إصدار التراخيص المتعلقة بعمليات الطائرات وصلاحيتها للطيران.

إدارة الحركة الجوية: تختص هذة الإدارة بتقديم خدمات الملاحة الجوية في أجواء إقليم البحرين لمعلومات الطيران ومطار البحرين الدولي وتنفيذ المشاريع الإقليمية والعالمية ذات الصلة، وتشمل على خدمات الحركة الجوية وخدمات معلومات الطيران وتخطيط المجال الجوي وخدمات التنبيه الجوي وخدمات البحث والإنقاذ وذلك وفق معايير ومقاييس المنظمة الدولية للطيران المدني.

نظم الملاحة الجوية: هي الإدارة المسؤولة عن توفير الدعم الفني لجميع أنظمة الرادار، والإتصالات الجوية والأرضية، والمساعدات الملاحية، والأرصاد الجوية. وتشمل خدمات الشبكة المعلوماتية وخدمات الهاتف للوزارة. وتقوم بتنفيذ مشاريع الطيران المدني المتعلقة بأنظمة الملاحة الجوية. بالإضافة إلى المساندة الفنية لإدارة الحركة الجوية لتحقيق أعلى معايير السلامة بما يتوافق مع متطلبات منظمة الطيران المدني الدولي.

النقل الجوي: هذه الإدارة مسؤولة عن لوائح النقل الجوي، والمعاهدات الدولية، والاتفاقيات الثنائية والمتعددة الأطراف، وتصاريح جداول الطيران بالإضافة إلى إصدار تراخيص نقل البضائع وأنشطة الطيران الأخرى.

سلامة وأمن الطيران: هذه الإدارة مسؤولة عن التأكد من أن جميع الأجهزة الأمنية في المطار تطبق برنامج أمن الطيران المدني الوطني، والإشراف على تنفيذه كما حددته منظمة الطيران المدني الدولي. كما ان الادارة مسؤلة عن ضمان امتثال جميع مقدمي الخدمات ومشغلي المطار وكذلك الملاحة الجوية لمعايير السلامة المنصوص عليها فى انظمة الطيران المدني، ومعايير السلامة المطلوبة من قبل منظمة الطيران المدني الدولي (ICAO).

الأرصاد الجوية: هذه الإدارة مسؤولة عن توفير أخبار ومعلومات الطقس إلى كافة الجهات الحكومية، والطيران المدني، والعمليات البحرية، والجهات العسكرية، ووسائل الإعلام، وعامة الناس، بالاضافة إلى ضمان الامتثال وفقاُ للقوانين التي توصي بها المنظمة العالمية للأرصاد الجوية (WMO) ومنظمة الطيران المدني الدولي (ICAO).